一、案件基本事实。

　　1995年6月16日中国农业银行某市郊区支行营业部（以下简称农行甲支行营业部)与某市郊区联社乙信用社(以下简称乙信用社)签订了一份《合同》。该合同载明：乙信用社同意提供贷款200万元以解决农行甲支行营业部开户单位丙皮鞋厂的流动资金贷款和农行压缩贷款规模的需要，农行甲支行营业部同意优先从该企业单位代乙信用社收取贷款本息，丙皮鞋厂的贷款抵押手续由农行营业部按规定手续提供（抵押手续存支行营业部）。同日，丙皮鞋厂向乙信用社出具《贷款抵押担保书》，向乙信用社申请流动资金贷款200万元，承诺1996年3月20日还清本息，并以该厂厂房、土地设备作为抵押担保，如到期不能偿还贷款本息，逾期十天后，按法律程序拍卖抵押担保物品偿还贷款本息。在该份《贷款抵押担保书》中，农行营业部盖章注明“抵押担保手续存支行营业部”。1995年6月16日，乙信用社向丙皮鞋厂发放贷款200万元，丙皮鞋厂给乙信用社立具《贷款凭证》（借据），借贷双方在借据上约定：“借款单位如按期归还有困难，须在到期之日前三天向贷出银行申办延期手续”。之后，经乙信用社同意后，丙皮鞋厂将此借款用于归还了其所欠农行营业部贷款本金200万元。

　　贷款逾期后，丙皮鞋厂未在借款到期之日前三天向乙信用社申办延期手续，乙信用社也没有根据丙皮鞋厂出具的担保书拍卖抵押担保物。1996年6月13日，在贷款逾期后的第84天，乙信用社又与丙皮鞋厂协商签订了新的《担保借款协议书》，约定乙信用社于当日向丙皮鞋厂发放流动资金贷款264万元，用于丙皮鞋厂购买原材料，月利率为685215.3‰，丙皮鞋厂应于1997年4月13日、5月13日、6月13日分三次偿还贷款，并约定借款用丙皮鞋厂的厂房、土地作担保。在该份协议上，双方手写“备注：房产证、土地使用证存放在郊支行”。同日，乙信用社向丙皮鞋厂发放贷款264万元，丙皮鞋厂向乙信用社立具借款借据（在借款借据上，双方将借款期限变更为1996年12月20日到期），金额分别为200万元和64万元。贷款发放后，丙皮鞋厂经乙信用社批准将其中200万元用于归还了原1995年6月16日向乙信用社所借的200万元贷款，64万元用于归还了该笔欠款的利息（乙信用社再审代理人在再审开庭时确认），之后，乙信用社在丙皮鞋厂1995年6月16日所立的200万元借据上标注“96．6．13还”，并加盖“附件”章入帐（见乙信用社一审提交的《乙信用社贷款凭证（借据正本）》）。第二笔贷款到期后，丙皮鞋厂未能按期归还。

　　自1996年12月20日乙信用社对丙皮鞋厂的第二笔贷款到期至1999年3月9日前，乙信用社既未行使贷款协议约定的抵押权，也未向丙皮鞋厂进行有效催收。1999年3月9日乙信用社向丙皮鞋厂发送《贷款催收通知书》，对“借款日期96年6月13日”、“到期日期1996年12月20日”的“贰佰陆拾肆万元”流动资金贷款进行催收。2000年11月28日，乙信用社发送第二份《贷款催收通知书》，对前述贷款进行催收，由署名“钟某”的人签收。2002年10月24日，乙信用社对丙皮鞋厂和甲支行提起共同诉讼，请求法院判决甲支行承担代收款责任。自1996年3月20日第一笔贷款到期至2002年10月24日起诉，乙信用社一直未向农行甲支行主张过权利。

　　2003年4月24日，某市中级人民法院作出判决，认定农行甲支行与乙信用社所签订合同中由甲支行提供抵押手续的条款非真实意思表示，依照《经济合同法》的规定属于欺诈，故而导致该合同条款无效，甲支行应承担无效合同的过错赔偿责任。遂判决甲支行承担丙皮鞋厂不能偿还贷款本金200万元及其利息221.76万元的无效合同过错赔偿责任。甲支行不服该判决，以一审判决事实不清、适用法律错误和超过诉讼时效为由，于2003年5月7日上诉至湖南省高级人民法院，乙信用社未上诉，丙皮鞋厂